La Fenice est justement né sur les cendres d’un autre théâtre brûlé, situé dans le quartier de San Marco, le théâtre San Benedetto, en 1789.
Dès 1790, un petit groupe de nobles vénitiens décide de reconstruire un nouveau théâtre avec l’aide de l’architecte Gian Antonio Selva sur un terrain irrégulier formé de deux rectangles accolés. Le premier, côté façade, abritera le vestibule, le second contenant la salle à proprement parler.
Après seulement dix-huit mois de travaux, ils aboutissent à un élégant monument de style néoclassique, avec une décoration intérieure d’esprit baroque, somptueusement ornée de rouge et d’or. Il s’appellera « La Fenice » (le phœnix), par allusion à l’incendie qui à détruit le théâtre de la société propriétaire et aux démêlés juridiques qu’elle dut traverser.
La Fenice joue pour sa première représentation, le 16 mai 1792, un opéra seria du célèbre Giovanni Paisiello, livret d’Alessandro Pepoli, Les Jeux d’Agrigente. Son répertoire mêle des œuvres lyriques, de l’opéra seria, le genre musical le plus prestigieux à l’époque (par opposition à l’opéra bouffe), mais aussi des ballets, des concerts ainsi que des pièces de théâtre.
Commence alors une longue période de gloire pour La Fenice. Le théâtre, ouvert à tous, en plein cœur de la ville, acquiert en effet rapidement une belle renommée. Lieu de sociabilité par excellence, la salle de la Fenice trône au centre de la vie culturelle des Vénitiens, qui la fréquentent tous les soirs pour faire des rencontres, mener des affaires ou simplement dîner, en écoutant le dernier aria à la mode. Le grand opéra voit défiler sur sa scène les plus grandes voix de son époque, la virtuose Angelica Catalani ou l’immense et émouvant castra Gasparo Pacchiarotti. En 1813, la Fenice accueille la création du Tancrède de Rossini, œuvre charnière d’un jeune musicien extrêmement prometteur, bientôt considéré comme le plus grand compositeur de son époque. C’est aussi dans ce temple du chant lyrique que sont créées les œuvres de Vincenzo Bellini, Beatrice di Tenda, en 1833, ou Belisario de Gaetano Donizetti en 1835.
En 1832, le théâtre est détruit par les flammes, mais se relève dans un temps record, l’année d’après, grâce à Giambattista Tommaso Meduna.
Le 29 janvier 1996, un incendie criminel ravage encore une fois le théâtre. Si les murs extérieurs tiennent encore, l’intérieur du théâtre est dévasté. Les travaux pour reconstruire la Fenice vont exiger un effort colossal de la ville de Venise, avec l’aide de l’Etat italien, le soutien des fondations internationales et de l’UNESCO. C’est l’architecte milanais Aldo Rossi qui redessine pour la troisième fois le temple de l’art lyrique.